誤區一： 未發生疫病可以不進行消毒 消毒的主要目的是殺滅傳染源的病原體，疫病發生要有三個基本環節：傳染源、傳播途徑、易感動物。在畜禽養殖中，有時沒有疫病發生，但外界環境存在傳染源，傳染源會釋放病原體，病原體就會通過空氣、飼料、飲水等途徑，入侵易感畜禽，引起疫病發生。如果沒有及時消毒、凈化環境，環境中的病原體就會越積越多，達到一定程度時，就會引起疫病大發生。因此，未發生疫病地區的養殖戶更應進行消毒，防患于未然。
誤區二： 消毒前，環境不進行徹底清除 由于養殖場存在大量的有機物，如糞便、飼料殘渣、畜禽分泌物、體表脫落物，以及鼠糞、污水或其它污物，這些有機物中藏匿有大量病原微生物，這會消耗或中和消毒劑的有效成分，嚴重降低了對病原微生物的作用濃度，所以說，徹底清除是有效消毒的前提。一般要經過清掃（為防止塵土飛揚，事前可用消毒水噴灑一遍）、沖洗（包括禽舍的沖洗、設備及飼養用具的清洗）、然后再進行消毒。
誤區三： 已經消毒畜禽就不會再發生傳染病 盡管進行了消毒，但并不一定就能收到徹底的消毒效果，這與選用的消毒劑品種、消毒劑質量及消毒方法有關。就是已經徹底規范消毒后，短時間內很安全，但許多病原體可以通過空氣、飛禽、老鼠等媒介傳播，養殖動物自身不斷污染環境，也會使環境中的各種致病微生物大量繁殖，所以必須定時、定位、徹底、規范消毒，同時結合有計劃地免疫接種，才能做到養殖動物不得病或少得病。
誤區四： 消毒劑氣味越濃，消毒效果越好 消毒效果的好壞，主要和它的殺菌能力、殺菌譜有關。目前國際上一些先進的、好的消毒劑是沒有什么氣味的，如聚維酮碘、聚醇醚碘、過硫酸鹽等；相反有些氣味濃、刺激性大的消毒劑，存在著消毒盲區，且氣味濃、刺激性大的消毒劑對畜禽呼吸道、體表等有一定的傷害，反而易引起呼吸道疾病。
誤區五： 長期固定使用單一消毒劑 長期固定使用單一消毒劑，細菌、病毒也可能對此會產生抗藥性；同時由于殺菌譜的寬窄，可能不能殺滅某種致病菌，使其大量繁殖，對消毒劑也可能產生抗藥性，因此最好用幾種不同類型的消毒劑輪換使用。
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